うさぎたちは無事高校へ進学し衛も大学の医学部に合格。そして、ちびうさは戦士としての修行を終え３０世紀の未来へ帰る準備をし、それぞれの夢に向かって新たな生活を送ろうとしていた。

桜舞う４月、街は今世紀最大の＜皆既日食＞でお祭りムード。 新月が太陽を覆い隠し、次第に薄暗くなっていく中、うさぎとちびうさは自らに助けを求める＜ペガサス/エリオス＞と出会う。ゴールデン・クリスタルの封印を解く、選ばれたる“乙女”を捜しているというエリオスは、ある日ちびうさの夢に現れ、「力を貸してほしい」と告げるのだった。時を同じくして、街には＜デッド・ムーンサーカス＞と名乗る謎のサーカス団が現れる。彼らの狙いは、悪夢の化身レムレスをばらまき、「幻の銀水晶」を手に入れて、月と地球を支配し、やがて宇宙までも支配しようと目論んでいた。一方、衛は皆既日食の後から自らの体に異変を感じていたが、うさぎに心配をかけたくない思いから言い出せずにいた…。

“乙女”と呼ばれ、自らを必要としてくれるエリオスに淡い恋心を抱くちびうさ。
自分はうさぎの足手まといなのではと苦悩する衛と、自分のせいで衛を危険な目にばかり合わせてしまうと思い悩むうさぎ。そして、戦いの中で次第に露わになる「夢」と「使命」。

―――今、時を超えた壮大な「夢」の物語が幕を開ける。

戦いの中、集結した１０人のセーラー戦士。だが、デッド・ムーンの頂点に君臨する女王・ネヘレニアの「悪夢」に惑わされ苦戦を強いられる。エリオスは地上を救うために最後の力を振り絞るが…。一方、うさぎも「悪夢」に囚われてしまいそうになるが、タキシード仮面の強い心に勇気づけられ、仲間たちと力を合わせることで新たなる姿“エターナルセーラームーン”として再び立ち上がる。そして遂に、エターナル化した全戦士が集結――。

覚悟を胸に今、時空を超えた「夢」が結末へ。